Sử thần Lê Tung thời Lê Tương Dực đã phê phán Lý Huệ Tông trong bài Đại Việt Thông giám Tổng luận:[5]

"Huệ Tông say đắm hoang dâm, giao chính sự cho quyền thần Tô Trung Từ, Trần Tự Khánh, vua yếu tôi mạnh, trời oán người giận, chính lệnh bạo ngược, hình phạt phiền hà, dân nghèo, giặc nổi, mà cái điềm mất nước đã quyết định từ đấy."

Trong Đại Việt Sử ký Toàn thư, Ngô Sĩ Liên bàn về việc Lý Huệ Tông truyền ngôi cho con gái để đến nỗi cơ nghiệp nhà Lý mất về tay nhà Trần như sau:

Đời sau chỉ truyền ngôi cho con mà không truyền ngôi cho người hiền, vì là không có người nào được như Thuấn và Vũ. Nếu không may mà không có con thì chọn con của người tông thất nuôi làm con mình để nối giữ nghiệp lớn, đó cũng là một cách xử trí trong lúc biến vậy. Lý Nhân Tông đã làm như thế rồi, Huệ Tông sao không xét việc cũ mà làm theo, lại để đến sau lúc tật bệnh mới lập con gái mà truyền ngôi cho, thế có phải lẽ không? Các quan bấy giờ không ai nghĩ gì đến xã tắc, để cho Phùng Tá Chu viện dẫn việc Lữ hậu[6] và Vũ hậu[7] làm cớ mà thành ra việc Chiêu Hoàng nhường ngôi cho họ Trần, ấy là người có tội với họ Lý.

Tuy nhiên, khi đưa ra nhận định này, sử gia Ngô Sĩ Liên dường như đã không thấy một thực tế rằng: nhà Lý đã không còn thực quyền từ loạn Quách Bốc, phải dựa vào các hào trưởng địa phương và nếu không có họ Trần, họ Nguyễn hoặc họ Đoàn cũng sẽ trở thành quyền thần trong triều. Do đó, việc lập con gái làm thái tử truyền ngôi dù không phải ý nguyện của Huệ Tông thì ông cũng không thể cưỡng lại được.

Chứng điên khùng của Lý Huệ Tông thực ra xuất phát từ sự phẫn uất, ức chế và bất lực của ông trước thời cuộc khi chứng kiến cơ nghiệp dòng họ dần dần bị thôn tính mà không làm gì được. Một mặt ra lệnh các quan ủng hộ họ Trần, mặt khác vẫn ngầm liên minh các sứ quân khác để chống họ Trần, điều đó chứng tỏ Huệ Tông cũng có toan tính "hai mặt" của một nhà chính trị chứ không phải là người ngây ngô, đần độn như Tấn Huệ Đế Tư Mã Trung. Tới khi làm sư Huệ Quang, ông vẫn hoàn toàn tỉnh táo. Nghe Trần Thủ Độ nói chuyện nhổ cỏ tận gốc, rõ ràng ông nhận thức được thâm ý độc ác của quyền thần; bởi nếu là người thực sự bị tâm thần thì sẽ không thể nào hiểu được, có lẽ sẽ dốc sức cắm cúi nhổ cho được cái rễ cỏ mà thôi. Chứng điên khùng của Huệ Tông phần do phẫn uất, phần do phe cánh họ Trần nói vu ra cho nặng thêm để người ngoài nghĩ rằng vua không còn đủ "năng lực hành vi" để trị quốc.

Huệ Tông là người chồng tốt nhưng không phải là ông vua giỏi và không đủ khả năng để an định đại cục đã rối ren. Ngô Sĩ Liên trách ông tự gây ra họa ngoại thích khi tới Hải Ấp:

Thái tử Sảm đi lần này là vì nước loạn mà tránh nạn, sao lại buông lòng dâm dục ở ngoài mà tự tiện phong tước cho người?

Trách cứ của Ngô Sĩ Liên có phần quá khe khắt. Kinh thành có biến phải bôn tẩu, việc Lý Sảm phong chức cho họ Trần để kích động lòng trung thành mà dẹp loạn; sau này trở về kinh thành, ông lại mưu dựa vào những họ khác để hạn chế thế lực họ Trần; như vậy nhà vua cũng biết thuật quyền biến, không hẳn vì tình riêng với Trần Thị Dung.

Tuy nhiên, bởi Huệ Tông không đủ tài nên sau trận ra quân cùng Đàm Dĩ Mông so gươm với họ Trần thất bại, ông nói riêng và nhà Lý nói chung không còn khả năng chi phối cứu vãn đại cục. Ông loay hoay tìm trung thần nhưng rốt cục ngoảnh đi ngoảnh lại, các sứ quân không ai trung thành với nhà Lý mà đều có toan tính riêng. Lý Huệ Tông không mặn mà họ Trần nhưng lại thực lòng yêu Trần Thị Dung và điều đó được họ Trần khai thác triệt để với vai trò ngoại thích và có vị thế thuận lợi để dẹp yên thiên hạ. Nếu ông và Trần Thị Dung chỉ là phương tiện phát triển thế lực cho Trần Tự Khánh thì tới đời sau, ông lại chứng kiến đôi trẻ Lý Chiêu Hoàng và Trần Cảnh là phương tiện để Trần Thủ Độ thi hành bá quyền[8].

Nói một cách khái quát, Lý Huệ Tông không đủ khả năng cứu vãn chính sự nhà Lý mà vua cha Lý Cao Tông đã làm hỏng.